Die Bewertung des ökologischen Zustandes eines natürlichen Gewässers erfolgt gemäß EG-Wasserrahmenrichtlinie typbezogen anhand einer fünf-stufigen Skala (sehr gut, gut, mäßig, unbefriedigend, schlecht). Die Einstufung erfolgt vorrangig unter Betrachtung des schlechtesten Bewertungsteilergebnisses aus den biologischen Qualitätskomponenten Phytoplankton, Makrophyten/Phytobenthos, Makrozoobenthos und Fische. Unterstützend werden die physikalisch- chemischen Orientierungswerte der LAWA hinzugezogen. Für den sehr guten Zustand werden zusätzlich hydromorphologische Komponenten bewertet. Des Weiteren wird der ökologische Zustand bzw. das ökologische Potential nicht besser als mäßig bewertet, wenn die Umweltqualitätsnormen für spezifische synthetische und nichtsynthetische Schadstoffe nicht eingehalten werden. Datenbankmodule für die WRRL-relevanten Lebensgemeinschaften (Phytoplankton, Makrophyten/Phytobenthos, Zoobenthos und Fische) sind in der Entwicklung.
Im digitalen Seenverzeichnis sind alle nicht berichtspflichten Seen in Schleswig-Holstein zusammengefasst, welche eine Seefläche kleiner 50 ha jedoch i. d. R. größer als 5 ha aufweisen und/oder Teil eines FFH-Gebietes oder ein anerkanntes EU-Badegewässer sind.
Derzeit werden die allgemeinen physikalisch-chemischen Parameter (ACP) in 72 Wasserkörpern und die flussgebietsspezifischen Schadstoffe in 73 Wasserkörpern untersucht. Die flussgebietsspezifischen Schadstoffe und die ACP werden zur unterstützenden Bewertung des ökologischen Zustandes der Seen herangezogen. Im Rahmen des chemischen Monitorings für die WRRL wird je See eine repräsentative Messstelle, welche zumeist an der tiefsten Stelle liegt, beprobt. Die ACP Gesamtphosphorkonzentration und Sichttiefe werden bei den Seen anhand von sogenannten Orientierungswerten beurteilt. Sie dienen in der Regel der Plausibilisierung der Bewertung anhand der biologischen Qualitätskomponenten. Die flussgebietsspezifischen Schadstoffe beziehen sich sowohl auf die Wasserphase als auch auf das Sediment. Sie gehen nach dem one out all out Prinzip in die Bewertung des ökologischen Zustandes ein. Ist eine Umweltqualitätsnorm überschritten, kann demnach der ökologische Zustand höchstens mäßig sein.
Derzeit wird das Phytoplankton an 78 Wasserkörpern untersucht. Für die WRRL werden fünf Wasserkörper in der überblicksweisen Überwachung und 67 Wasserkörper im operativen Messnetz anhand des Phytoplanktons untersucht. Weiterhin sind sechs nicht berichtspflichtige Seen kleiner 50 ha im regelmäßigen Monitoring, darunter in SH besonders seltene und schützenswerte Seetypen, wie die karbonatarmen Weichwasserseen sowie Seen, die ökologisch noch weitgehend intakt sind.
Diese Fachaufgabe bündelt Erkenntnisse aus Untersuchungen biotischer und abiotischer Parameter und schlägt übergreifende Maßnahmen zum Schutz und zur Regeneration von Seen vor. Diese fachlichen Grundlagen gehen in die Umsetzung der WRRL ein.
Die Aufgaben des Dezernates 43 - Seen erstrecken sich über die Tätigkeitsbereiche: - Umsetzung der EG-WRRL an Seen, - Untersuchung der Lebensgemeinschaften von Seen, - Untersuchung des Wasser- und Stoffhaushalt von Seen - Bewertung der Seen, - Erarbeitung von Konzepten und Mitwirkung bei der Sanierung bzw. Restaurierung von Seen und - Fortschreibung der Seenstammdaten https://www.schleswig-holstein.de/DE/landesregierung/themen/kueste-wasser-meer/seen/seen_node.html
Zur Bewirtschaftung der Oberflächengewässer besteht in Schleswig-Holstein eine Vorranggewässerkulisse. Diese umfasst unter anderem die ökologisch wertvollsten Seen bzw. solche mit dem besten Entwicklungspotenzial zur Zielerreichung nach EG WRRL. Für die Auswahl der Vorrangseen wurden alle 73 berichtspflichtigen Seen Schleswig-Holsteins größer 50 ha sowie einige Seen kleiner 50 ha, die als FFH-Lebensraumtyp gemeldet wurden berücksichtigt. Unter den 73 berichtspflichtigen Seen wurden 23 als Vorranggewässer ausgewählt, an denen notwendige Maßnahmen geplant und umgesetzt werden sollen.
Die operative Überwachung wird an 67 Seen mit einer Seefläche größer 50 ha durchgeführt, welche die geltenden Umweltziele wahrscheinlich nicht erfüllen, um das Ausmaß und die Auswirkung der Belastungen und die Wirkung der durchgeführten Maßnahmen beurteilen zu können, sowie an Wasserkörpern, in die prioritäre Stoffe eingeleitet werden. Hierbei werden solche biologischen Qualitätskomponenten und stoffliche Parameter überwacht, die auf die Belastungen am empfindlichsten bzw. deutlichsten reagieren. Der Untersuchungsumfang wird während des Bewirtschaftungszeitraums den Erfordernissen angepasst.
Zu den Grundlagen der biologischen Bewertung gemäß WRRL gehören das Aufstellen einer Gewässertypologie und die Ausweisung von Gewässertypen. Diese sind elementare Grundlagen für die typspezifische biologische Bewertung, die Ausweisung der Wasserkörper und das Aufstellen eines Monitoring-Netzwerkes. Aber auch die Erstellung der Bewirtschaftungspläne und damit die Maßnahmenplanung erfolgt typspezifisch. In der Ökoregion "Norddeutsches Tiefland" werden insgesamt sieben Seetypen unterschieden, darunter sechs natürliche Typen und ein Sondertyp für künstliche Seen.
Die überblicksweise Überwachung dient der Bewertung des Zustands und langfristiger Veränderungen und wird in Schleswig-Holstein an den fünf großen Seen größer 10 km² Seefläche durchgeführt. Eine überblicksweise chemische Überwachung findet mindestens einmal in sechs Jahren statt. Bei der biologischen Überwachung der Seen liegt das Intervall bei einem bis drei Jahren.
Die Wasserrahmenrichtlinie (WRRL) folgt dem Grundsatz, dass Flussgebiete als Ganzes zu betrachten und zu bewirtschaften sind. Für die praktische Arbeit – z. B. für die Erarbeitung der Bewirtschaftungspläne oder für die Bestandsaufnahme des Zustands der Seen – werden aber handhabbare Untereinheiten gebildet. Wasserkörper stellen hierbei die kleinste Einheit dar, die die WRRL betrachtet. Das WRRL-Monitoring bezieht sich in Schleswig-Holstein auf 73 Wasserkörper mit jeweils einer Seefläche von mehr als 50 ha, davon sind 62 Seen natürlich und elf Seen künstlich entstanden. Hinsichtlich dieser Seen ist Deutschland berichtspflichtig gegenüber der EU.