Die operative Überwachung wird an 67 Seen mit einer Seefläche größer 50 ha durchgeführt, welche die geltenden Umweltziele wahrscheinlich nicht erfüllen, um das Ausmaß und die Auswirkung der Belastungen und die Wirkung der durchgeführten Maßnahmen beurteilen zu können, sowie an Wasserkörpern, in die prioritäre Stoffe eingeleitet werden. Hierbei werden solche biologischen Qualitätskomponenten und stoffliche Parameter überwacht, die auf die Belastungen am empfindlichsten bzw. deutlichsten reagieren. Der Untersuchungsumfang wird während des Bewirtschaftungszeitraums den Erfordernissen angepasst.
Damit die Versorgung mit sauberem Trinkwasser auch langfristig gesichert werden kann, ist der flächendeckende Grundwasserschutz gesetzlich verankert. In Regionen, die für die Trinkwassergewinnung von besonderer Bedeutung sind, können außerdem Wasserschutzgebiete ausgewiesen werden.
