Die operative Überwachung wird an 67 Seen mit einer Seefläche größer 50 ha durchgeführt, welche die geltenden Umweltziele wahrscheinlich nicht erfüllen, um das Ausmaß und die Auswirkung der Belastungen und die Wirkung der durchgeführten Maßnahmen beurteilen zu können, sowie an Wasserkörpern, in die prioritäre Stoffe eingeleitet werden. Hierbei werden solche biologischen Qualitätskomponenten und stoffliche Parameter überwacht, die auf die Belastungen am empfindlichsten bzw. deutlichsten reagieren. Der Untersuchungsumfang wird während des Bewirtschaftungszeitraums den Erfordernissen angepasst.
Der Gewässerkundliche Mess- und Beobachtungsdienst wird vom LfU zusammen mit dem LKN geführt. Es werden die Grundlagendaten zur Ordnung des Wasserhaushaltes erhoben. Dazu werden in Schleswig-Holstein an über 400 Pegeln Wasserstände und an über 100 Pegeln Abflüsse gemessen.
