Zu den Grundlagen der biologischen Bewertung gemäß WRRL gehören das Aufstellen einer Gewässertypologie und die Ausweisung von Gewässertypen. Diese sind elementare Grundlagen für die typspezifische biologische Bewertung, die Ausweisung der Wasserkörper und das Aufstellen eines Monitoring-Netzwerkes. Aber auch die Erstellung der Bewirtschaftungspläne und damit die Maßnahmenplanung erfolgt typspezifisch.
In der Ökoregion "Norddeutsches Tiefland" werden insgesamt sieben Seetypen unterschieden, darunter sechs natürliche Typen und ein Sondertyp für künstliche Seen.
Ausweisungsmessnetze gemäß Düngeverordnung und Allgemeine Verwaltungsvorschrift Gebietsausweisung (AVV GeA) wurden 2020 von allen Bundesländern eingerichtet, um mit Nitrat belastete und eutrophierte Gebiete zu identifizieren und nachfolgend Gebietskulissen zum Schutz des Grundwassers vor flächenhaften Nährstoffeinträgen aus der Landwirtschaft auszuweisen. In Schleswig-Holstein wird das Ausweisungsmessnetz zur Begründung der Gebiete der sogenannten „Nitrat-Kulisse“, die auch als „rote Gebiete“ oder „Nitrat-Gebiete“ bezeichnet werden, genutzt. Das Bundesverwaltungsgericht hat am 24.10.2025 entschieden, dass die AVV GeA 2022 keine rechtlich wirksame Ermächtigungsgrundlage darstellt, auf der die Ausweisung einer Nitrat-Gebietskulisse in Bayern mit nachfolgenden Auflagen für die Landwirtschaft hätte geschehen dürfen. Auch wenn sich das Urteil auf Bayern bezieht, ist die Situation in den anderen Bundesländern in der Sache mit Bayern vergleichbar. Das Bundeslandwirtschaftsministerium bemüht sich seit dem Urteil um eine Gebietsausweisungsverordnung, welche die rechtskonforme Ausweisung der mit Nitrat belasteten Gebiete basierend auf dem Ausweisungsmessnetz wieder ermöglicht.
Die überblicksweise Überwachung dient der Bewertung des Zustands und langfristiger Veränderungen und wird in Schleswig-Holstein an den fünf großen Seen größer 10 km² Seefläche durchgeführt. Eine überblicksweise chemische Überwachung findet mindestens einmal in sechs Jahren statt. Bei der biologischen Überwachung der Seen liegt das Intervall bei einem bis drei Jahren.
Die operative Überwachung wird an 67 Seen mit einer Seefläche größer 50 ha durchgeführt, welche die geltenden Umweltziele wahrscheinlich nicht erfüllen, um das Ausmaß und die Auswirkung der Belastungen und die Wirkung der durchgeführten Maßnahmen beurteilen zu können, sowie an Wasserkörpern, in die prioritäre Stoffe eingeleitet werden. Hierbei werden solche biologischen Qualitätskomponenten und stoffliche Parameter überwacht, die auf die Belastungen am empfindlichsten bzw. deutlichsten reagieren. Der Untersuchungsumfang wird während des Bewirtschaftungszeitraums den Erfordernissen angepasst.
Der WMS umfasst Schadstoffe im Wasser und im Sediment, die an Messstationen des LLUR erfasst werden. Parameter: Quecksilber, Blei, Kupfer, Nickel, Arsen, Cadmium, Chrom, Zink.
