Im digitalen Seenverzeichnis sind alle nicht berichtspflichten Seen in Schleswig-Holstein zusammengefasst, welche eine Seefläche kleiner 50 ha jedoch i. d. R. größer als 5 ha aufweisen und/oder Teil eines FFH-Gebietes oder ein anerkanntes EU-Badegewässer sind.
Zur Erfüllung von Berichtspflichten gegenüber der EU unterhält Deutschland neben dem Messnetz der Wasserrahmenrichtlinie u.a. das EUA-Messnetz EUA: Europäische Umweltagentur). Das EUA-Messnetz wird seit 1993 unterhalten. Es beruht auf der Verordnung (EWG) Nr. 1210/90 des Rates zur Errichtung einer Europäischen Umweltagentur und eines Europäischen Umweltinformations- und Umweltbeobachtungsnetzes vom 07.05.1990. Ziel ist es, eine zuverlässige und auf europäischer Ebene vergleichbare Datengrundlage als Grundlage für die Begründung der Notwendigkeit von Maßnahmen herzustellen. Ebenso werden die Daten für eine sachgerechte Unterrichtung der Öffentlichkeit über den Zustand der Umwelt herangezogen. Die Ergebnisse dieses Messnetzes werden jährlich an die Europäische Umweltagentur in Kopenhagen geliefert.
Derzeit wird das Phytoplankton an 78 Wasserkörpern untersucht. Für die WRRL werden fünf Wasserkörper in der überblicksweisen Überwachung und 67 Wasserkörper im operativen Messnetz anhand des Phytoplanktons untersucht. Weiterhin sind sechs nicht berichtspflichtige Seen kleiner 50 ha im regelmäßigen Monitoring, darunter in SH besonders seltene und schützenswerte Seetypen, wie die karbonatarmen Weichwasserseen sowie Seen, die ökologisch noch weitgehend intakt sind.
Zur Bewirtschaftung der Oberflächengewässer besteht in Schleswig-Holstein eine Vorranggewässerkulisse. Diese umfasst unter anderem die ökologisch wertvollsten Seen bzw. solche mit dem besten Entwicklungspotenzial zur Zielerreichung nach EG WRRL.
Für die Auswahl der Vorrangseen wurden alle 73 berichtspflichtigen Seen Schleswig-Holsteins größer 50 ha sowie einige Seen kleiner 50 ha, die als FFH-Lebensraumtyp gemeldet wurden berücksichtigt. Unter den 73 berichtspflichtigen Seen wurden 23 als Vorranggewässer ausgewählt, an denen notwendige Maßnahmen geplant und umgesetzt werden sollen.
Die Wasserrahmenrichtlinie (WRRL) folgt dem Grundsatz, dass Flussgebiete als Ganzes zu betrachten und zu bewirtschaften sind. Für die praktische Arbeit – z. B. für die Erarbeitung der Bewirtschaftungspläne oder für die Bestandsaufnahme des Zustands der Seen – werden aber handhabbare Untereinheiten gebildet. Wasserkörper stellen hierbei die kleinste Einheit dar, die die WRRL betrachtet.
Das WRRL-Monitoring bezieht sich in Schleswig-Holstein auf 73 Wasserkörper mit jeweils einer Seefläche von mehr als 50 ha, davon sind 62 Seen natürlich und elf Seen künstlich entstanden. Hinsichtlich dieser Seen ist Deutschland berichtspflichtig gegenüber der EU.
