Diese Fachaufgabe bündelt Erkenntnisse aus Untersuchungen biotischer und abiotischer Parameter und schlägt übergreifende Maßnahmen zum Schutz und zur Regeneration von Seen vor. Diese fachlichen Grundlagen gehen in die Umsetzung der WRRL ein.
Die Aufgaben des Dezernates 43 - Seen erstrecken sich über die Tätigkeitsbereiche: - Umsetzung der EG-WRRL an Seen, - Untersuchung der Lebensgemeinschaften von Seen, - Untersuchung des Wasser- und Stoffhaushalt von Seen - Bewertung der Seen, - Erarbeitung von Konzepten und Mitwirkung bei der Sanierung bzw. Restaurierung von Seen und - Fortschreibung der Seenstammdaten
Zur Bewirtschaftung der Oberflächengewässer besteht in Schleswig-Holstein eine Vorranggewässerkulisse. Diese umfasst unter anderem die ökologisch wertvollsten Seen bzw. solche mit dem besten Entwicklungspotenzial zur Zielerreichung nach EG WRRL.
Für die Auswahl der Vorrangseen wurden alle 73 berichtspflichtigen Seen Schleswig-Holsteins größer 50 ha sowie einige Seen kleiner 50 ha, die als FFH-Lebensraumtyp gemeldet wurden berücksichtigt. Unter den 73 berichtspflichtigen Seen wurden 23 als Vorranggewässer ausgewählt, an denen notwendige Maßnahmen geplant und umgesetzt werden sollen.